e-Riigi Akadeemia tegeleb erinevate uurimussuundadega:

BEGIX (Balanced E-Governance Index)
Koostöös Bertelsmanni Fondi ja Euroopa Nõukoguga välja töötatud hindamismetoodika eri organisatsioonide saavutuste hindamiseks IKT-valdkonnas.

Vabavara (Free/Open Source Software)
Vastukaaluks kommertstarkvara monopoliseerumisele ja kõrgetele hindadele on eGA alustanud vaba tarkvara kasutuselevõtmise propageerimist, seda eriti just kolmanda ja avaliku sektori seas.

IKT ja korruptsioon
IKT on oluliseks vahendiks korruptsiooni vähendamisel. eGA töötab erinevate juhtumianalüüside põhjal välja metoodika, andes juhiseid korruptsiooni vähendamiseks.

E- julgeolek
eGA arendab Eestis e- julgeoleku kompetentsikeskust, mis koondaks e-julgeoleku eksperte ning infot.

E- demokraatia
eGA arendab erinevaid e-demokraatia suundi nagu online konsultatsioon, demokraatia käsiraamat jne.